حساب‌های ملی سلامت مجموعه‌ای از اطلاعات نظام‌مند و جامع از جریان منابع موجود در نظام سلامت یک کشور را برای یک دوره‌ی معین فراهم می‌کند و ابزاری را در دسترس قرار می‌دهد که با استفاده از آن ترسیم استراتژی کشورهای در حال توسعه برای تأمین مالی مؤثر بخش سلامت امکان‌پذیر شود.
جداول اصلی حساب‌های ملی سلامت اولین‌بار توسط مرکز آمار برای سال ۱۳۸۰ تهیه و تدوین شده است و در سال ۱۳۸۹، دومین گزارش حساب‌های ملی سلامت توسط پژوهشکده‌ی آمار و مرکز آمار ایران به سفارش وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی برای سال‌های ۱۳۸۱ تا ۱۳۸۷ تهیه شد. سومین گزارش حساب‌های ملی سلامت نیز به درخواست وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی سلامت، برای دوره‌ی ۱۳۸۸ تا ۱۳۹۰ که توسط پژوهشکده‌ی آمار و با نظارت مرکز آمار ایران در آبان ۱۳۹۲ آغاز شد و در مرداد ۱۳۹۳ به پایان رسید.
در حال حاضر نیز تهیه‌ی حساب‌های ملی سلامت برای سال‌های ۱۳۹۱ و ۱۳۹۲ و امکان‌سنجی پیاده‌سازی نظام حساب‌های سلامت ۲۰۱۱ (SHA.2) توسط آن وزارت‌خانه درخواست شده است که توسط پژوهشکده‌ی آمار و با نظارت مرکز آمار ایران در حال اجرا است.